O entusiasmo santista reascendeu o desejo do nosso padre santo, de erguer em Itu um Santuário Central do Apostolado da Oração. O altar erigido em 1882 seria substituído por uma capela para peregrinação de romeiros.
Aproveitando o espaço do quintal, que dividia com a fábrica São Luís, em 20 de fevereiro de 1903, ao celebrar o jubileu da eleição papal de Leão XIII, foi benzida a pedra fundamental da nova construção em corpo anexo à antiga igreja do Bom Jesus. O terreno, de pequenas dimensões (15metros x 11metros), abrigou projeto ousado, verdadeira joia da arquitetura neorrenascentista, inspirada na Igreja de Sant’Andrea della Valle, em Roma. Dividida em três pequenas naves, a central se encerra no altar, de mármore italiano de duas cores. O arquiteto foi o francês, radicado em Itu, Louis Amirat (1845 – 1918), avô do padre Ranulpho Amirat (1923 – 2010) que, por tantos anos, viveu nessa mesma igreja.
A decoração interna coube ao pintor italiano Carlo de Servi, que já trabalhara em igrejas paulistanas. O Mensageiro do Coração de Jesus de fevereiro de 1904 traz a descrição da alegoria do altar: “veem-se por trás do altar mór figuras de anjos que contemplam o grupo das estátuas do Coração de Jesus e Santa Margarida Maria Alacoque, mandadas especialmente vir da França. Na abside o artista Carlo de Servi representou o Pai Eterno sobre o bloco do mundo, debaixo do qual surge um anjo com o emblema do Apostolado em uma das mãos, mostrando que naquela divisa estão reunidos em terra todos os fiéis do Sagrado Coração de Jesus. Junto ao Pai Eterno estão o Divino Espírito Santo e Nossa Senhora e dos lados: São Francisco de Sales, venerável Padre Claudio de La Colombière, Santa Gertrudes e São João Evangelista precursores, amantes e propagadores da devoção ao Sagrado Coração de Jesus”. Sob as pinturas lemos a frase do profeta Jeremias que resume toda a devoção: “Com amor eterno Eu te amei.”
As quatro colunas, decoradas com ramos de café, sustentam uma cúpula, posteriormente pintada com os símbolos da Paixão de Cristo e os quatro evangelistas.
A inauguração do Santuário se deu a 10 de janeiro de 1904. Foi uma apoteose, com a presença de Mons. Giulio Tonti, Núncio Apostólico no Brasil e grande quantidade de romeiros, que tiveram que se revezar para conhecer o novo templo, afinal, a capela abriga somente oitenta pessoas. Suas primeiras cadeiras e bancos foram doados por membros do Apostolado da Oração de Itu. Desde então se celebra aí a santa missa em todas as primeiras sextas-feiras do mês.
Marca das grandes romarias, há, junto ao altar, diversos corações de metal, ex-votos dos peregrinos que estiveram em Itu, ainda no tempo do padre Taddei.
No ano seguinte, a pedido do próprio Taddei, todas as dioceses do país, encaminharam ricos estandartes que representavam o papel central que o Santuário teve na devoção ao sagrado Coração em nosso país.