No âmbito da CNBB, dom Cipollini foi nomeado membro da Comissão Episcopal Pastoral para a Doutrina da Fé para o mandato de 2011 a 2014, e posteriormente eleito presidente da mesma comissão na Assembleia Geral da CNBB de 2015 para o período de 2015 a 2019, sendo reeleito em 2019. De acordo com o bispo de Santo André (SP), essa segunda sessão começou com uma característica um pouco diferente. “Nós já tínhamos participado da primeira sessão já estávamos ambientados com o clima e o tipo de trabalho. Porém há uma diferença, por exemplo a criação das 10 Grupos de Estudo sobre as temáticas, pelo Papa, que trabalharão assuntos mais complexos influem porque esses temas não estão sendo discutidos”, avalia.