Depois de longos 12 anos, o Ituano volta a disputar a Série C do Campeonato Brasileiro, competição que conquistou em 2003. Ao todo, foram seis participações na terceira divisão, mais a Copa João Havelange no módulo branco, em 2000, considerado o terceiro escalão dos clubes do Brasil. A última participação do rubro-negro aconteceu no ano de 2008, e como a equipe não avançou da segunda fase, automaticamente foi rebaixada para a Série D, que passou a ser disputada a partir do ano seguinte.

Um título mais que merecido

Em 2003, após retornar a elite e conquistar o título estadual e da Copa Mauro Ramos, o Ituano alçou voos ainda maiores, e um acesso para a Segunda Divisão nacional, coroaria um tempo que se vislumbrava vitorioso na história Rubro-negra. Participaram da edição de 2003, 94 equipes, divididas em 28 grupos. Jogaram entre si, dentro das chaves, em turno e returno, com os dois primeiros colocados passando a 2ª fase.
E assim, no dia 17 de setembro, o Galo iniciava sua jornada do acesso e título, com derrota diante do XV de Piracicaba, fora de casa. A recuperação veio quatro dias depois, com a vitória em casa diante da Internacional por 2 a 0. No returno, uma derrota fora e nova vitória em casa, colocaram o Ituano na segunda posição do grupo.
Na segunda fase, as 56 equipes classificadas da 1ª fase foram divididas em 28 chaves de dois clubes cada. Passaram à 3ª fase, os campeões de cada chave. Mesmo modelo adotado na terceira fase, com as 28 equipes classificadas divididas em 14 novos grupos de dois clubes cada. Os vencedores das chaves avançaram para a 4ª fase. Os 14 clubes foram novamente agrupados em pares. Passaram à 5ª fase os vencedores de cada grupo, mais uma equipe, a qual tenha realizado a melhor campanha até então, desde a fase inicial, dentre as sete perdedoras nos jogos desta fase, priorizando as equipes que jogaram a 1ª fase em grupos de quatro.
Na fase seguinte, restaram 8 equipes agrupadas em quatro grupos de dois clubes. Novamente em jogos de ida e volta. Os vencedores passam ao quadrangular final. No Quadrangular final, os quatro clubes classificados se enfrentaram em jogos de ida e volta. Quem somou mais pontos se sagrou o campeão. Os dois primeiros subiram à Série B.
O Ituano enfrentou o mesmo adversário, RS Futebol, na 4ª e 5ª fase, pois a equipe gaúcha herdou a vaga após derrota para o galo no primeiro duelo, por ter melhor campanha entre os demais eliminados. No primeiro confronto, equilíbrio, uma vitória para cada equipe por 3 a 1, com o rubro-negro avançando nas penalidades. No segundo encontro, vitória gaúcha por 2 a 1 na ida, e vitória rubro-negra por 3 a 1 na volta, em Itu.
Após quatro fases de mata-mata, o Ituano precisava encarar o Quadrangular final, enfrentando mais 3 equipes. Com apenas uma derrota em seis jogos, para o Campinense na segunda rodada, o acesso foi confirmado na penúltima rodada, contra o mesmo Campinense, no Estádio Novelli Júnior. Com o acesso garantido, o título veio de forma emocionante na última rodada, após empate em 4 a 4 com o Botafogo-PB.